Thanh tra công tác lập, thẩm định, phê duyệt quy hoạch xây dựng và quản lý xây dựng theo quy hoạch (tại một số tỉnh Đăk Lăk, Đồng Nai, TP Hồ Chí Minh, Hưng Yên, Thái Nguyên…); Thanh tra quản lý đầu tư xây dựng nhà ở cho người có thu nhập thấp; các dự án xây dựng khu ký túc xá cho sinh viên (tại tỉnh Lâm Đồng, TP Đà Nẵng; TP Việt Trì-Phú Thọ…); Dự án đầu tư xây dựng công trình trong các lĩnh vực: Xây dựng, giao thông, thủy lợi (dự án đầu tư xây dựng cảng hàng không quốc tế Phú Quốc, quản lý dự án đầu tư xây dựng tại sở GTVT Cao Bằng, Bắc Kạn, Quảng Ninh; dự án tái định cư tại thủy điện Sơn La, dự án đầu tư xây dựng Nhà máy xi măng Bỉm Sơn, Bút Sơn…). Các dự án xử lý chất thải rắn (dự án đầu tư xây dựng khu liên hợp xử lý chất thải rắn Nam Bình Dương – tỉnh Bình Dương, tỉnh Sơn La, Quảng Ninh, Khánh Hòa ...).
Kết quả các cuộc thanh, kiểm tra cho thấy:
Về công tác quy hoạch xây dựng: Việc ban hành các văn bản hướng dẫn, điều chỉnh các văn bản hướng dẫn không còn phù hợp của một số địa phương về công tác quy hoạch xây dựng chưa kịp thời; kính phí bố trí hàng năm cho công tác quy hoạch chưa thường xuyên; việc lập thẩm định, phê duyệt, quản lý, thực hiện các đồ án, triển khai dự án quy hoạch xây dựng còn chậm, phần lớn các đồ án, dự án được thỏa thuận chủ trương, phê duyệt chưa hoàn thành giải phóng mặt bằng, chưa thực hiện nghĩa vụ tài chính về sử dụng đất, chưa lập và phê duyệt dự án đầu tư xây dựng hạ tầng; đồ án quy hoạch dân dụng chưa đúng chỉ tiêu Quy chuẩn xây dựng Việt Nam về mật độ xây dựng, đánh giá tác động môi trường chưa đầy đủ...; công tác cấp phép và quản lý sau cấp phép xây dựng chưa chặt chẽ; việc thực hiện nghĩa vụ thuế thu nhập doanh nghiệp với Nhà nước của một số đơn vị tư vấn lập đồ án chưa đầy đủ, nhiều khu công nghiệp đã phê duyệt quy hoạch nhưng không triển khai thực hiện hoặc thực hiện chậm gây lãng phí trong việc sử dụng đất.
Về công tác quản lý dự án đầu tư xây dựng: Công tác quản lý chất lượng công trình, công tác thanh toán còn tồn tại như: hồ sơ khảo sát, chỉ dẫn kỹ thuật của dự án chưa đầy đủ, tính toán sai khối lượng, áp sai cấp đất, định mức, đơn giá vật tư, vật liệu, chi phí nhân công... làm tăng giá gói thầu so với thực tế; tiến độ thực hiện dự án chưa đảm bảo thời gian, năng lực tư vấn thiết kế, giám sát, thẩm định chưa cao, hồ sơ quản lý chất lượng chưa được lưu đủ theo quy định.
Về việc nghiệm thu, thanh toán, điều chỉnh hợp đồng: Nghiệm thu thanh toán còn sai sót do tính toán khối lượng không chính xác; quy định điều chỉnh nhân công, giá vật liệu theo dự toán, nhưng không quy định cụ thể theo dự toán trúng thầu của nhà thầu hay dự toán được duyệt, một số nhà thầu dự thầu đưa giá trị nhân công lớn và khi điều chỉnh theo đơn giá nhà thầu thì giá trị bổ sung cao…
Theo các kết luận thanh tra, Thanh tra Bộ yêu cầu xử lý về kinh tế là 1.105 tỷ đồng sai phạm. Cụ thể số tiền giảm trừ, thanh quyết toán và thu hồi về quỹ hỗ trợ sắp xếp doanh nghiệp 337 tỷ đồng. Số tiền thuế, tiền thuê đất và áp sai đơn giá thuê đất phải nộp ngân sách nhà nước 516 tỷ đồng. Giảm trừ do điều chỉnh phê duyệt lại dự toán, lập dự toán chưa đúng quy định 237 tỷ đồng. Kiến nghị thu hồi về tài khoản tạm giữ của Thanh tra Bộ 13 tỷ đồng (đã thực hiện thu hồi về tài khoản tạm giữ của thanh tra Bộ: 865 triệu đồng).
Về xử phạt vi phạm hành chính: Thanh tra Bộ đã ban hành 15 quyết định xử phạt vi phạm hành chính với số tiền 1,5 tỷ đồng. Đã có 8 đơn vị thực hiện quyết định xử phạt với số tiền 1,3 tỷ đồng.